Indubitavelmente, o Projeto congregacional,  gestado no Coração de Bárbara, insistia em abrir asas, ultrapassando todas as barreiras. Com  o falecimento de Madre Ana, assume como Superiora Geral – Bárbara Landerl com o nome de  Madre Margarida de São José (1889 -1913). 
Madre Margarida foi eleita sucessora de Madre Ana e, antes de assumir a nova e difícil missão, preparou-se durante oito dias, com orações e exercícios espirituais.
No Rio Grande do Sul, já se havia estabelecido o maior número de Irmãs e floresciam novas vocações.  O contexto social era de muita orfandade, resultante da guerra do Paraguai, o que motivou Madre Margarida a transferir a sede do governo da Congregação do Rio de Janeiro para Porto Alegre, fato que não agradou às Irmãs que permaneceram em missão no Rio de Janeiro, ligadas à Madre Clara de Santo Estanislau. Começa, então, a tensão entre as Irmãs do Rio (Niterói) com as Irmãs de Porto Alegre, o que fragilizou as relações. 
Madre Margarida, continuando a iniciativa de sua sucessora, empenhou-se em conseguir a aprovação da Constituição. Após estudo, exames e repetidas reformulações, receberam, em 24/05/1896, a aprovação diocesana de Dom Cláudio José Gonçalves Ponce de Leão, Bispo do Rio Grande do Sul.
Ao levar a Constituição para as Irmãs do Rio de Janeiro, estas não foram aceitas pela incompatibilidade nas mudanças, resultando na separação e formação de duas Congregações. Madre Clara fez-se eleger Superiora Geral do grupo de Irmãs que permaneceram no Rio de Janeiro, com a denominação de Irmãs do Sagrado Coração de Maria, e as do Sul, ligadas à Madre Margarida, continuaram se identificando como Irmãs do Puríssimo Coração de Maria. A razão fundamental da separação foi o conceito de fidelidade: as Irmãs do Rio buscavam ser fiéis à Fundadora, conservando intactas a primeira Constituição, enquanto que as Irmãs do Sul entendiam que, para serem fiéis, precisavam acolher as exigências da realidade e caminhar conforme os apelos da Igreja.
Apesar da fragmentação, no Rio Grande do Sul, a Congregação expandiu-se para o interior do estado. Surgiram novas candidatas e a abertura de muitas Obras.
Para a  existência legal da Congregação no país, foi aprovado e registrado o Estatuto Social da Congregação, constituindo-se em Entidade Civil, sob a denominação de Sociedade Educação e Caridade, fundada em 06 de janeiro de 1911, com sede em Porto Alegre, na rua Riachuelo, 508. Sua fundação foi tendo, desde então, personificação jurídica no Brasil. Como Entidade Civil, sem fins lucrativos, filantrópica, de assistência social, dá suporte legal e financeiro para a realização da missão da Congregação, que tem por finalidade:
• promover e ministrar a educação;
• prestar assistência educacional, hospitalar, social e religiosa;
• promover ações que protejam e promovam a família, a maternidade, a infância, a adolescência e a velhice, com ênfase aos carentes e/ou necessitados.
Madre Margarida foi a última testemunha e companheira de Bárbara. Aos 79 anos de idade, sentindo que suas forças não mais ajudavam a dirigir a Congregação, pede demissão do cargo e dedica-se à vida de oração e penitência. Faleceu aos 92 anos de idade, em Porto Alegre.